Filogeneza arbo

El Vikipedio, la libera enciklopedio
Saltu al: navigado, serĉo
Simpligita arbo pri ĉiuj vivaĵoj

Filogeneza arboEvolua arbo estas arboforma skemo montranta la filogenezon, tio estas la parenceco inter grupoj, ofte specioj, kiuj havas kunan prapatron. Tiuj grupoj estas nomataj folioj. Ĉiu nodo en la arbo figuras teorian prapatron de ĉiuj ties idoj; ĝia nomo estas tiu el ĉiuj la idaj branĉoj, sed ne tiu de la prapatro, ĉar ne eblas distingi lin. La arbo povas esti radika aŭ ne. Karolo Darvino estis unu el la unuaj sciencistoj kiuj proponis montri la historion de specioj per arbo. Plej ofte, la filogenezaj arboj estas kladistikaj.

En arbo ne eblas montri horizontalajn transirojn, kaj en filogenetiko disvolviĝas nova modelo, la filogeneza reto, kiu permesas tion.

Ekzistas pluraj metodoj. pli malpli rapidaj kaj fidindaj, por fari tiujn arbojn.

Metodoj[redakti | redakti fonton]

Eblas optimumigi diversajn kriteriojn en la arbo: distanco, ŝparemo, aŭ verŝajneco.

Distanco[redakti | redakti fonton]

Ĉe la metodoj pri distanco, la unua kriterio rilatas al la distanco inter la estontaj folioj de la arbo. Ekzemple, se tiuj folioj estas DNA-sekvencoj, oni povas elekti la nombron de malsamaj nukleotidoj. Por fari tion, necesas vicigi la sekvencojn.
Poste oni povas uzi la metodojn UPGMANeighbour Joining por dedukti ties arbostrukturon.

Ŝparemo[redakti | redakti fonton]

La metodoj pri ŝparemo estas ĉefe uzataj por morfologiaj studoj. Ĉe molekulaj aliroj, tio signifas trovi la arbon kiu minimumigas la nombron de mutacioj, forigoj kaj aldonoj inter unu sekvenco kaj la alia. Tiu metodo serĉas la arbon la plej ŝpareman je ŝanĝoj. Tio baziĝas sur la razilo de Okam. Tiuj metodoj supozas ke konverĝa evoluo estas sufiĉe malofta, ĉar la plej mallonga arbo estas tiu, kiu havas malmulte da konverĝado.

Estas tri ŝtupoj:

  • serĉi ĉiujn n de ĉiu arbo,
  • elekti la plej mallongan.

Plej ofte, la nombro de eblaj arboj estas tro granda por ke eblu serĉi ĉiujn (eĉ per la plej potencaj komputiloj). Necesasas do fari algoritmon kiu trovas unu el la plej mallongaj arboj, sed oni ne povas certi ke ĝi estas la plej mallonga.

Per tiuj metodoj, la arboj estas neradikaj, tamen la uzo de eksteraj grupoj (angle Out Groups) permesas poste enmeti la radikon.

Verŝajneco[redakti | redakti fonton]

Fine, la metodoj pri verŝajneco baziĝas sur la maksimuma verŝajneco. Konante la mutacian kvanton por ĉiu nukleotido, oni taksas la verŝajnecon de la arboj.

Vidu ankaŭ[redakti | redakti fonton]

Eksteraj ligiloj[redakti | redakti fonton]

angle Tree of Life Web Project