Filogeneza arbo: Malsamoj inter versioj
| [nekontrolita versio] | [nekontrolita versio] |
Neniu resumo de redakto |
e Filogenetika arbo alinomita al Arkreskiĝa arbo: esperantaj radikoj, esperanto ne estas la angla kun o-finaĵoj. |
(Neniu diferenco)
| |
Kiel registrite je 13:16, 16 jan. 2011
Arkreskiĝa arbo estas arboforma skemo figuranta la parenceco inter aroj, ofte specioj, kiuj havas kunan prapatron. Tiuj aroj estas nomataj folioj. Ĉiu nodo el la arbo figuras teoria prapatro el ĉiuj ties idoj; ĝia nomo estas tiu el ĉiuj la idaj branĉoj, sed ne tiu de la prapatro, ĉar ne eblas distingi lin. La arbo povas esti radikata aŭ ne. Karolo Darvino estis unu el la unuaj sciencistoj kiuj proponis figura la specia historio per arbo. Plejofte, la arkreskiĝaj arboj estas kladistikaj.
En arbo, ne eblas figuri la horizontalaj transiroj, kaj nova figurilo kreskas, la arkreskiĝa reto, kiu permesas ilin.
Estas pluraj metodoj por fari tiuj arboj. pli malpli rapidaj kaj fidindaj.
Metodoj
Pluraj kriterioj povas esti maksimuigi en la arbo: distanco, malmultekosteco, aŭ fidindeco.
Distanco
Por la metodoj pri la distanco, temas pri elekti la distanca kriterio inter la arbaj folioj. Ekzemple, se tiuj folioj estas DNA sekvoj, oni povas elekti la nombro de malsamaj nukleotidoj. Por fari tion, endas vicigi la sekvoj.
Poste oni elektas metodo kiel UPGMA aŭ Neighbour Joining por fari la arbo el la distancoj.
Malmultekosteco
La metodoj pri malmultekosteco, estas ĉefe uzataj por la formaj studoj. Por la molekulaj studoj, tio signifas trovi la arbo kiu malmaksimumigas la nombro de mutacioj, el unu sekvo al la alia. Tiu metodo serĉas la arbo la plej malmultekosta en ŝanĝoj. Tio estas bazita sur la raziklingo de Ockham. Tiuj metodoj supozas ke la konverĝa evoluo estas sufiĉe maloftaj, ĉar la plaj mallonga arbo estas tiu, kiu havas malmulte da konverĝado.
Estas tri ŝtupoj:
- serĉi ĉiujn la arbojn eblajn,
- mezuri la longeco de ĉiu arbo,
- elekti la plej mallonga.
Plejofte, la nombro de eblaj arboj estas tro granda por ke eblas serĉi ĉiuj (eĉ per la plej potencaj komputiloj). Bezonas do fari algoritmo kiu trovas unu el la plej mallongaj arboj, sed oni ne povas certi ke ĝi estas la plej mallonga.
Per tiuj metodoj, la arboj estas neradikataj, tamen la uzo de eksternaj aroj (angle Out Groups) permesas poste enmeti la radikon.
Fidindeco
Finfine, la metodoj pri fidindeco estas bazitaj sur la maksimuma findindeco. Konante la mutacia kvanto por ĉiu nukleotido, oni estimas la findindeco de la arboj.
Eksteraj ligiloj
angle Tree of Life Web Project