Restriktaj enzimoj

Malkovrataj ekde 1973, restriktaj enzimoj kapablas rekoni specife mallongan sinsekvon de 4 ĝis 10 bazparoj kaj distranĉi DNA-n ĉe la rikonita loko. Ili ebligas erigi DNA en reduktitajn fragmentojn aŭ trafe distranĉi DNA ĉe specifa loko.La distranĉebla loko ĉe DNA estas palindronaj sinsekvoj, tio signifas ke inversigante nukleotidoj-sinsekvon, oni havigas la saman nukleotid-ordon. Ekz: ATGTA inverse estas ATGTA ankau.Ju pli longas la sinsekvo, des pli ĝi estas mallofta. Estas facile kompreni ke ATA estas pli ofte renkontebla kombinaĵo ol ATGCGTA.

Netfina tranĉo

Netfina tranĉo: Restrikta enzimo distranĉas nete la dufadenan DNA-n.

Iuj enzimoj distranĉas DNA-lokon meze de ĝi kaj produktas du fragmentojn kies ekstremaĵoj estas netaj. Temas tiam pri netfina tranĉo.

Kunteniĝa tranĉo

Kunteniĝa tranĉo: Restrikta enzimo distranĉas malnete la dufadenan DNA-n.

Plej parto de la enzimoj tamen distranĉas malsimetrie: oni parolas tiukaze pri kunteniĝa tranĉo (aŭ malnetfina tranĉo). Ĉiu fragmento havas fadenon pli longan ol la alian. Pluraj centoj el tiuj enzimoj estis karakterizitaj: ili rekonas grandan variecon de tiaj distranĉoj.

Uzado

Restriktaj enzimoj estas uzataj por:
•establi tranĉaran mapon de ĉiuj DNA-molekuloj kiujn oni
deziras karakterizi. Tio konsistas el determino de la resktriktejoj-ordo laŭlonge de la konsiderata molekulo, kiuj produktos, post ties « enzima digestado », divers-longajn fragmentojn kies longeco povos esti difinita per elektroforezo.
•manipuli DNA ĝenerale. Oni ekzemple povas tranĉi plasmidon antaŭ fremd-DNA-enplasmidigo...

Ekzemploj

Enzimo       Organismo-fonto                 Rekonita sinsekvo       Tranĉejo

EcoRI        Escherichia coli                 5'GAATTC              5'---G     AATTC---3'
                                                   3'CTTAAG          3'---CTTAA     G---5'

BamHI        Bacillus amyloliquefaciens        5'GGATCC              5'---G     GATCC---3'
                                               3'CCTAGG              3'---CCTAG     G---5'

HindIII      Haemophilus influenzae            5'AAGCTT              5'---A     AGCTT---3'
                                               3'TTCGAA              3'---TTCGA     A---5'

MstII        Microcoleus species               5'CCTNAGG
                                               3'GGANTCC

TaqI         Thermus aquaticus                 5'TCGA                5'---T   CGA---3'
                                               3'AGCT              3'---AGC   T---5'

NotI         Nocardia otitidis                 5'GCGGCCGC
                                               3'CGCCGGCG

HinfI        Haemophilus influenzae            5'GANTC
                                               3'CTNAG

AluI         Arthrobacter luteus               5'AGCT                5'---AG  CT---3'
                                               3'TCGA                3'---TC  GA---5'

Eksteraj ligiloj

• http://nist.rcsb.org/pdb/molecules/pdb8_1.html Arkivigite je 2005-10-23 per la retarkivo Wayback Machine
• http://rebase.neb.com
• http://tools.neb.com/NEBcutter2/index.php
• http://rebase.neb.com/rebase