La bandera de Villagonzalo recoge los colores predominantes en el escudo heráldico de la villa, la cual se describe así: rectangular horizontal, mastilada por mitad, triángulo equilátero amarillo (oro) junto al asta (cuyo lado será igual a la anchura de la bandera). Resto del paño: dos franjas horizontales, azul la superior y roja la inferior. Explicación: En el color amarillo quiere significar la nobleza y magnanimidad castellana, de la que esta villa es partícipe; a la vez que manifiesta el tesón en el esfuerzo por lograr la promoción de empresa y riqueza. En el azul se representa la aspiración de vivir en la verdad y lealtad, compartiendo lo mejor de los sentimientos y actitudes de cada habitante y familia de la villa. El rojo quiere expresar la fortaleza y unión de sus moradores para secundar los proyectos e iniciativas colectivas y solidarias de progreso. En el corazón de la bandera -donde se halla la intersección de los colores- se coloca de fondo el escudo heráldico de la villa en el paño, cuyo tamaño es el de 2/5 partes de la anchura de la bandera.