Proteina Datenbazo
| Proteina Datenbazo | |||||
|---|---|---|---|---|---|
| |||||
| kristalografia datenbanko | |||||
| Komenco | 1971 vd | ||||
| |||||
| Retejo | Oficiala retejo | ||||
La Proteina Datenbazo aŭ Proteina Datenbanko (angle Protein Data Bank, akronime PDB) estas datenbazo por la tri-dimensiaj strukturaj datenoj de grandaj biologiaj molekuloj, kiel proteinoj kaj nukleataj acidoj [1]. La datenoj tipe estas akiritaj de ikso-radia kristalografio, NMR spektroskopio aŭ, pli kaj pli, krioelektrona mikroskopo kaj submetita fare de biologoj kaj biokemiistoj de tra la tuta mondo, estas libere alirebla sur la Interreto tra la retejoj de ties membraj organizaĵoj (PDBe [2], PDBj [3], RCSB [4] kaj BMRB [5]). La PDB estas kontrolita de organizaĵo nomita la Tutmonda Proteina Datenbanko (angle Worldwide Protein Data Bank, wwPDB).
La PDB estas ŝlosilo en areoj de struktura biologio, kiel struktura genomiko. Plej gravaj sciencaj revuoj kaj kelkaj fondumaj agentejoj nun postulas sciencistojn submeti iliajn strukturajn datenojn al la PDB. Multaj alia datenbazoj uzas proteinajn strukturojn deponitaj en la PDB. Ekzemple, SCOP kaj CATH klasifikas proteinajn strukturojn, dum PDBsum provizas plendetalan superrigardon de PDBaj registraĵoj uzante informon de aliaj fontoj, kiel Gena Ontologio [6][7].
Referencoj[redakti | redakti fonton]
- ↑ (2019) “Protein Data Bank: the single global archive for 3D macromolecular structure data”, Nucleic Acids Res. 47 (D1), p. 520–528. doi:10.1093/nar/gky949.
- ↑ PDBe home < Node < EMBL-EBI.
- ↑ Protein Data Bank Japan – PDB Japan – PDBj.
- ↑ . RCSB PDB: Homepage.
- ↑ Biological Magnetic Resonance Bank.
- ↑ (January 2008) “The Protein Data Bank: a historical perspective”, Acta Crystallographica Section A A64 (1), p. 88–95. doi:10.1107/S0108767307035623.
- ↑ (December 1997) “PDBsum: a Web-based database of summaries and analyses of all PDB structures”, Trends Biochem. Sci. 22 (12), p. 488–90. doi:10.1016/S0968-0004(97)01140-7.
Eksteraj ligiloj[redakti | redakti fonton]
- La Tutmonda Proteina Datenbazo (wwPDB) —gepatra retejo al regionaj gastigantoj (sube listigitaj)
- RCSBa Proteina Datenbanko (US)
- PDBe (Eŭropo)
- PDBj (Japanio)
- BMRB, Biologia Magneta Resonanca Datenbanko (US)
- wwPDB Dokumentado —dokumentado de ambaŭ la PDBa kaj PDBMLa dosierformatoj
- Rigardante strukturojnArkivigite je 2011-03-24 per la retarkivo Wayback Machine—La enkondukode la RCSB al crystallography
- PDBsum Hejmpaĝo—eltiras datenoj de aliaj datumbazoj pri PDBaj strukturoj.
- Nukleacida Datumbazo, NDB—PDBa spegula retejo precipe por serĉado de nukleaj acidoj
- Enkonduka PDBa seminario sponsorita de PDB
- PDBe: Rapida Travojaĝo de EBI trejnu enrete