Restriktaj enzimoj

Reviziita versio de ĉi tiu paĝo, aprobita je 9 maj. 2013, estis bazita sur ĉi tiu versio.

Malkovrataj ekde 1973, restriktaj enzimoj kapablas rekoni specife mallongan sinsekvon de 4 ĝis 10 bazparoj kaj distranĉi DNA-n ĉe la rikonita loko. Ili ebligas erigi DNA en reduktitajn fragmentojn aŭ trafe distranĉi DNA ĉe specifa loko.La distranĉebla loko ĉe DNA estas palindronaj sinsekvoj, tio signifas ke inversigante nukleotidoj-sinsekvon, oni havigas la saman nukleotid-ordon. Ekz: ATGTA inverse estas ATGTA ankau.Ju pli longas la sinsekvo, des pli ĝi estas mallofta. Estas facile kompreni ke ATA estas pli ofte renkontebla kombinaĵo ol ATGCGTA.

Netfina tranĉo

Iuj enzimoj distranĉas DNA-lokon meze de ĝi kaj produktas du fragmentojn kies ekstremaĵoj estas netaj. Temas tiam pri netfina tranĉo.

Kunteniĝa tranĉo

Plej parto de la enzimoj tamen distranĉas malsimetrie: oni parolas tiukaze pri kunteniĝa tranĉo (aŭ malnetfina tranĉo). Ĉiu fragmento havas fadenon pli longan ol la alian. Pluraj centoj el tiuj enzimoj estis karakterizitaj: ili rekonas grandan variecon de tiaj distranĉoj.

Uzado

Restriktaj enzimoj estas uzataj por:
•establi tranĉaran mapon de ĉiuj DNA-molekuloj kiujn oni
deziras karakterizi. Tio konsistas el determino de la resktriktejoj-ordo laŭlonge de la konsiderata molekulo, kiuj produktos, post ties « enzima digestado », divers-longajn fragmentojn kies longeco povos esti difinita per elektroforezo.
•manipuli DNA ĝenerale. Oni ekzemple povas tranĉi plasmidon antaŭ fremd-DNA-enplasmidigo...

Ekzemploj

Enzimo	      Organismo-fonto	                Rekonita sinsekvo       Tranĉejo

EcoRI        Escherichia coli	                5'GAATTC              5'---G     AATTC---3'
                                                   3'CTTAAG	         3'---CTTAA     G---5'

BamHI        Bacillus amyloliquefaciens        5'GGATCC              5'---G     GATCC---3'
                                               3'CCTAGG              3'---CCTAG     G---5'

HindIII      Haemophilus influenzae            5'AAGCTT              5'---A     AGCTT---3'
                                               3'TTCGAA	             3'---TTCGA     A---5'

MstII        Microcoleus species               5'CCTNAGG
                                               3'GGANTCC

TaqI         Thermus aquaticus                 5'TCGA                5'---T   CGA---3'
                                               3'AGCT	             3'---AGC   T---5'

NotI         Nocardia otitidis                 5'GCGGCCGC
                                               3'CGCCGGCG

HinfI        Haemophilus influenzae            5'GANTC
                                               3'CTNAG

AluI         Arthrobacter luteus               5'AGCT                5'---AG  CT---3'	
                                               3'TCGA                3'---TC  GA---5'

Eksteraj ligiloj

greke http://nist.rcsb.org/pdb/molecules/pdb8_1.html greke http://rebase.neb.com greke http://tools.neb.com/NEBcutter2/index.php greke http://rebase.neb.com/rebase