GenBank

GenBank
sequence database • datena biblioteko
Retejo	Oficiala retejo

GenBank estas la datumbazo de genetikaj sekvencoj de la usona NIS (Nacia Instituto pri Sano), nome kolekto de publika disponeblo de sekvencoj de DNA. Ĝi disdatiĝas ĉiun duan monaton.​

GenBank estas parto de International Nucleotide Sequence Database Collaboration, kiu estas formita per la datumbazo de DNA de Japanio, la Eŭropa Laboratorio de Molekula Biologio (Eŭropa Molekulbiologia Laboratorio (EMBL)), kaj GenBank en la National Center for Biotechnology Information (NCBI). Tiuj organizoj interŝanĝas datumojn ĉiutage. GenBank kaj iliaj kunlaborantoj ricevas genetikajn sekvencojn produktitajn en laboratorioj de la tuta mondo, devenaj de pli ol 500 000 specioj formale priskribitaj.​ GenBank plue kreskiĝas eksponencie, duobligante la kvanton de informaro enhavata ĉiun 18an monaton.​ Laŭ la dokumentaro de la versio 250.0 de GenBank, je junio 2022, la datumbazo enhavas pli ol 2 450 milionojn de sekvencoj, enhavante pli ol 17 mil milionojn de bazoj de nukleotidoj.

La rektaj komunikoj kun GenBank fariĝas uzante BankIt, kiu estas formato bazita sur la reto, aŭ la sendependa programo Sequin. Ricevinte sekvencon, la personaro de GenBank atribuas alirnumeron al la sekvenco kaj realigas kvalitkontrolojn. Poste, oni publikigas la prezentaĵojn en la publika datumbazo, kie oni povas rekuperi la informojn per Entrez aŭ oni povas elŝuti per FTP. La plimulto de la prezentaĵoj de Expressed Sequence Tag (EST), Sequence Tagged Site (STB), Genome Survey Sequence (SSG) kaj High-Throughput Genome Sequence (HTGS) estas prezentataj per la grandaj sekvenc-centroj. La grupo de rektaj prezentaĵoj de GenBank procezas ankaŭ la kompletajn sekvencojn de la mikrobia genaro.

Eksteraj ligiloj

• GenBank
• Ekzemplo de registro de sekvenco de beta hemoglobino
• BankIt
• Sequin
• Emboss
• GenBank, RefSeq, TPA and UniProt: What’s in a Name?

• En tiu ĉi artikolo estas uzita traduko de teksto el la artikolo GenBank en la hispana Vikipedio.