PubChem

El Vikipedio, la libera enciklopedio
Jump to navigation Jump to search
Pubchemlogo.png
Enhavo
Priskribo PubChem
Organismo Homoj kaj aliaj bestoj
Kontakto
Instituto pri esploroj NCBI
Primara citaĵo PMID 15879180
Aliro
URL elŝuto FTP
Iloj
Miksamaso

PubChem (Publika Kemio) estas datumbanko kun kemiaj molekuloj kaj ties respektivaj agadoj antaŭ biologiaj eksperimentoj. La sistemo proviziĝas de la Nacia Centro por Bioteknologia Informado (NCBI), iu branĉo de la Nacia Biblioteko pri Medicino[1], kiu estas parto de la usona Nacia Instituto pri Sano (NIH)[2]. PubChem estas alirebla tute senpaga per uzanto-interfaco de la reto. Miloj da strukturoj de komponaĵoj kaj priskribaj datumkunaĵoj estas libere elŝutitaj pere de Protokolo por Transigo de Dosiero. PubChem enhavas priskriboj por substancoj kaj etaj molekuloj kun malpli ol 1000 atomoj kaj 1000 ligoj. Pli ol 80 kontribuantoj da datumbankoj kunlaboras por la kresko de la datumbazo de PubChem.

Datumbazoj[redakti | redakti fonton]

PubChem konsistas je tri dinamike kreskantaj primaraj datumbankoj. En la 29-a de septembro 2014 la datumbanko de PubChem prezentis la jenan strukturon:

  • 54 milionoj da ĉefvortoj por kombinaĵoj (31 milionoj ekde januaro 2011), entenantaj kemiajn kombinaĵojn purajn kaj distingajn
  • 163,5 milionoj da ĉefvortoj por substancoj (75 milionoj ekde januaro 2011), ankaŭ entenantaj miksaĵojn, ekstraktojn, kompleksojn, kaj diversajn substancojn
  • BioEksperimentoj, rezultoj de bioaktiveco ekde 6059 programoj por Komputila Bildigo per Alta Uzebleco[3] kun valoroj je pluraj milionoj.

Serĉo[redakti | redakti fonton]

La serĉado en la datumbazo eblas por vasta amaso da proprecoj, nome, kemia strukturo, nekompletaj nomoj, kemia formulo, molekula pezo, Koeficiento de Divido[4][5], krom la Numero de donantoj kaj akceptantoj de Hidrogena ligo.

PubChem prezentas sian samtempan (online) molekulan eldoniston pere de la apogsoftvaroj SMILES/SMARTS kaj Internacia Kemia Identigilo aŭ InChl permesantaj la importadon kaj eksportadon de la plej ordinaraj formatoj de kemiaj dosieroj kiuj helpas en la serĉado de strukturoj kaj fragmentoj.

Ĉiu aliro provizas informojn pri sinonimoj, kemiaj proprecoj, kemiaj strukturoj inkluzive rekonante sinsekvojn da simboloj kaj karakteroj de SMILES kaj InChl, bioaktivecon, kaj ligiloj al komponaĵoj strukture ligitaj krom aliaj datumbazoj de NCBI kiel PubMed[6].

En la formularo por tekstoserĉado la kampoj de la datumbazo estas plenigeblaj aldonante la kamponomon ene de kvadrataj krampoj por la vortoserĉo. Unu numerintervalo reprezentiĝas de du numeroj apartigitaj de komo. La serĉovortoj kaj la kamponomoj ne estas kazo-sentivaj. Parentezoj kaj logikaj operatoroj AND, OR kaj NOT estas uzeblaj. AND akceptiĝas kiam nenia operatoro uzatas.

Ekzemplo pri la Regulo de Kvin far Lipinski[7]

0:500[mw] 0:5[hbdc] 0:10[hbac] -5:5[logp]

Historio[redakti | redakti fonton]

PubChem ekzistas ekde 2004.

Prizorgoj de la Usona Kemia Societo (ACS)[redakti | redakti fonton]

La Usona Kemia Societo[8] pligrandigis ties prizorgoj rilate al la publike apogita datumbazo de PubChem, ĉar laŭŝajne tio povas signifi konkurencon kun la jam ekzistanta Servo pri Abstrakta Kemio[9], fondita en 1907. Ili havas fortan intereson pri la temo ĉar la Servo pri Abstrakta Kemio estas grandparte respondeca pri la enspezoj de la societo. Por defendi siajn rajtojn kontraŭ la datumbanko de PubChem, la Usona Kemia Societo ade postulas reagon de Usona Kongreso.

Iom post la kreado de PubChem, la Usona Kemia Societo insiste penis influi sur la Usona Kongreso rilate al streĉado en la operacioj de PubChem, kiu, laŭ ili, konkurencas kun la Servo pri Abstrakta Kemio.

Kampoj de la datumbazo[redakti | redakti fonton]


Identigaj kampoj
Identiga numero en la kuranta datumbazo [UID]
Identiga numero de la Substanco [SID]
Identiga numero de la komponaĵo [CID]
Identiga numero de la BioEksperimento [BAID], [AID]

Ĝenerala
Ajna kampo de la datumbazo [ALL]
Komento [CMT]
Depondato [DDAT], [DEPDAT]
Identigo de la Ekstera deponanto [SRID], [SRCID]
Fonto-nomo [SRC], [SRCNAM], [SRCNAME]
Dato de fontlanĉo [SRD], [SRDAT], [RLSDAT]
Difino de la Titolo por Medicina Temo (MeSH) [MSHT], [MESHT]
Arba nodo de MeSH [MSHN], [MESHTN]
Farmakologiaj efektoj de MeSH [PHMA], [PHARMA]

Proprecoj de la substancoj
Sinonimoj de la substancoj [SYNO]
Nomo IUPAK [UPAC], [IUPAC]
Internacia Chemia Identigilo (InChI) [INCHI]
Molekula pezo [MW], [MWT], [MOLWT]
Kemiaj elementoj [ELMT], [EL]
Nehidrogenaj atomoj [HAC], [HACNT]
Numero de Izotopoj [IAC], [IACNT]
Totala formala ŝarĝo[10] [TFC], [CHG], [CHRG]
Numero de Kiralaj atomoj [ACC], [ACCNT]
Numero de difinitaj kiralaj atomoj [ACDC], [ACDCNT]
Numero de nedifinitaj kiralaj atomoj [ACUC], [ACUCNT]
Numero de akceptanto de Hidrogena ligo [HBAC], [HBACNT]
Numero de donanto de Hidrogena ligo [HBDC], [HBDCNT]
Numero de Taŭtomeroj [TC], [TCNT], [TTMC]
Numero de Rotaciaj ligoj [RBC], [RBCNT]
XLogP aŭ Konstanto de Separiĝo[4]

Proprecoj de la Kombinaĵoj
Sinonimoj de la kombinaĵo [CSYN], [CSYNO]
Numero de la kombinaĵo [CC], [CCNT]
Numero je kovalencaj ligoj de la molekulo [CUC], [CUCNT]
Numero de totala bioaktiveco [TAC]

Referencoj[redakti | redakti fonton]

  1. Usona Nacia Biblioteko pri Medicino
  2. Nacia Instituto pri Sano
  3. High Throughput Screening (HTS)
  4. 4,0 4,1 Introduction to the Pharmaceutical Sciences, Nita K. Pandit
  5. La Koeficiento de Divido aŭ Konstanto de Separiĝo oleo-akvo estas la rilato inter la koncentriĝoj de la substancoj, por ekscii en kiu momento ili separiĝas.
  6. PubMed
  7. Structure-based Drug Discovery: An Overview, R. E. Hubbard
  8. Usona Kemia Societo
  9. Hompaĝo de Chemical Abstracts Service
  10. Organic Chemistry, Marye Anne Fox, James K. Whitesell