Flago de Sud-Sudano estis adoptita sekvante la subskribon de la Ampleksa Packontrakto kiu finigis la sudanan internan militon. La flago antaŭe estis uzita kiel la flago de la Liberiga Armeo de la Sudana Popolo. La flago estas simila al la flago de Kenjo kun la aldono de blua triangulo kaj gageo ĉe la hisflanko. La koloroj laŭdire reprezentas la homojn de Sud-Sudano (nigraj), la sangon verŝitan por libereco (ruĝa), la teron (verda) kaj la akvoamasojn de Nilo (blua); la gageo, La Stelo de Bet-Leĥem, reprezentas unuecon de Sud-Sudano.