La unua skribmencio pri Bernartice estas el la jaro 1251, sed ekzistas pruvoj pri multe pli malnova loĝigo. La vilaĝo apartenis al diversaj posedantoj - la plej signifaj estis en la jaroj 1606 - 1773 pragaj jezuitoj kaj en la 19-a jarcento Paaridoj. En la pasoj de jarcentoj la vilaĝo estis multfoje tre provata, sed malgraŭ tio ĝi apartenis al la plej riĉaj en la tuta regiono kaj en la fakto ĝis hodiaŭ temas pri centrejo de agrikultura produktado de la tuta ĉirkaŭaĵo.
Kruela sorto trafis la urbeton dum la nazia okupado. En la jaro 1942 estis 3 civitanoj ekzekutitaj kaj 5 senditaj en koncentrejoj pro helpo, kiun ili donis al ĉeĥoslovakaj paraŝutistoj el Britio. Al Bernartice minacis sorto de Lidice. En bataloj en la nura fino de la Dua Mondmilito estis en la vilaĝo mortigitaj 14 lokaj civitanoj. Sume pereis sur la ekzekutejoj, en la koncentrejoj kaj en la bataloj je la vilaĝo 6 % el tiama nombro de la loĝantoj.
Ekde la 10-a de septembro 2014 Bernartice estas kampurbo.